Exploration Structurale Et Dynamique de La - Lyon, France - Université Grenoble Alpes

Université Grenoble Alpes

Entreprise vérifiée

Lyon, France

il y a 2 semaines

Posté par:

Sophie Dupont

beBee Recruiter

Description

**Exploration structurale et dynamique de la lipoprotéine à basse densité // Structural and Dynamical Exploration of Low Density Lipoprotein**:

- Réf
- **ABG-114967**

**ADUM-50152**
- Sujet de Thèse- 03/06/2023- Autre financement public- Université Grenoble Alpes- Lieu de travail- Saint-Martin d'Hères Cedex - France- Intitulé du sujet- Exploration structurale et dynamique de la lipoprotéine à basse densité // Structural and Dynamical Exploration of Low Density Lipoprotein- Mots clés- Lipoprotéine, apoB-100, cryo-EM, Modélisations, SAXS-SANS
- Lipoproteins, apoB-100, cryo-EM, Modelisations, SAXS-SANS**Description du sujet**:

- La nanoparticule naturelle «lipoprotéine à basse densité» (LDL) est responsable du transport du cholestérol dans le sang. Le dysfonctionnement de cette fonctionnalité peut induire des maladies graves. Elle contient une protéine unique, l'apoB-100, qui a une masse molaire de 500 kDa. Alors que la particule entière et sa protéine sont étudiées depuis longtemps, il n'a toujours pas été possible de déterminer leurs structures au niveau atomique.
- Pour obtenir de nouveaux modèles de LDL et d'apo B-100 avec un niveau de détail sans précédent, nous suivrons deux voies individuelles qui convergeront : La LDL sera étudiée et, indépendamment, sa seule partie protéique, l'apo B-100, sous une forme stabilisée par un détergent et exempte de lipides. Pour accéder à leurs structures, nous combinerons des techniques de pointe de cryo-EM et de SAXS. En outre, les méthodes de diffusion des neutrons seront complétées par des simulations 'coarsed-grain' pour décrire les caractéristiques dynamiques de la LDL dans son intégralité, ainsi que les différents domaines de l'apo B-100. Toutes les méthodes seront appliquées non seulement aux LDL et/ou à leurs sous-fractions, mais aussi aux LDL riches en triglycérides et oxydées afin de reproduire les conditions pathologiques rencontrées dans l'hyperlipidémie ou dans les plaques d'athérosclérose.
The natural nanoparticle 'low density lipoprotein' (LDL) is responsible for the transport of cholesterol in the blood. Dysfunction of this functionality can lead to serious diseases. It contains a unique protein, apoB-100, which has a molar mass of 500 kDa. While the whole particle and its protein have been studied for a long time, it has still not been possible to determine their structures at the atomic level.
- To obtain new models of LDL and apo B-100 with an unprecedented level of detail we will pursue two individual paths that will converge: LDL will be investigated, and independently its sole protein moiety apo B-100 in a lipid-free detergent-stabilized form. To access their structures we will combine state-of-the-art cryo-EM techniques and SAXS. In addition, neutron scattering methods will be complemented by coarse-grain simulations to describe the dynamical features of LDL in its entirety, as well as different domains of apo B-100. All methods will be applied not only on LDL and/or its subfractions, but also on triglyceride-rich and oxidized LDL to mimic pathologic conditions as found in hyperlipidaemia or in atherosclerotic plaques.
Début de la thèse : 01/10/2023**Nature du financement**:

- Autre financement public**Précisions sur le financement**:

- Financement par crédits ANR**Présentation établissement et labo d'accueil**:

- Université Grenoble Alpes**Etablissement délivrant le doctorat**:

- Université Grenoble Alpes**Ecole doctorale**:

- 47 PHYS - Physique- Etudiant.e de niveau Bac + 5 avec des connaissances solides en physique, biophysique et biologie. Il ou elle doit au moins parler et écrire couramment l'Anglais et si possible avoir des bases en Français. Des connaissances de base en modélisation et simulations sont souhaitables ainsi qu'en travail en laboratoire.
- A student having a Master diploma with a strong background in physics, biophysics and biology. He or she should be fluent in English and if possible have a basic knowledge of French. Basic knowledge of modelling and simulations is desirable as well as of laboratory work.-
- 07/07/2023