Phd Position F/m Developing a Deep Learning - Strasbourg, France - Inria

Inria

Entreprise vérifiée

Strasbourg, France

il y a 2 semaines

Posté par:

Sophie Dupont

beBee Recruiter

Description

Le descriptif de l'offre ci-dessous est en Anglais_

**Type de contrat **:CDD

**Niveau de diplôme exigé **:Bac + 5 ou équivalent

**Fonction **:Doctorant

**Contexte et atouts du poste**:
[1] Y. Karami, et al. Exploring a Structural Data Mining Approach to Design Linkers for Head-to-Tail Peptide Cyclization. Journal of Chemical Information and Modeling 63.20: , 2023.

[2] Goverde, Casper A., et al. "De novo protein design by inversion of the AlphaFold structure prediction network." Protein Science : e4653.

**Mission confiée**:
[1] J. D Scott and T. Pawson. Cell signaling in space and time: where proteins come together and when they're apart. Science, : , 2009.
[2] M. R. Arkin, Y. Tang, and J. A Wells. Small-molecule inhibitors of protein-protein interactions: progressing toward the reality. Chemistry & biology, 21(9): , 2014.
[3] W. Cabri, et al. Therapeutic peptides targeting ppi in clinical development: Overview, mechanism of action and perspectives. Frontiers in Molecular Biosciences, 8:697586, 2021.
[4] D. J. Craik, et al. The future of peptide-based drugs. Chemical biology & drug design, 81(1):136-147, 2013.
[5] D. Schutz, et al. Peptide and peptide-based inhibitors of sars-cov-2 entry. Advanced drug delivery reviews, 167:47-65, 2020.
[6] J. Jumper, et al. Highly accurate protein structure prediction with alphafold. Nature, :583-589, 2021.

**Principales activités**:

- Literature review of the relevant studies
- Preparing a test set using existing databased of peptides and proteins
- Developing a generative model to design peptides
- Implementing the method and preparing a software using Python
- Validating the method and analysing the results
- Writing dissertation, scientific articles and presenting the work in international conferences

**Compétences**:

- Master's degree in Computer Science, Bioinformatics, Chemoinformatics or a related master program
- Proficiency in programming languages (Python, PyTorch or R) and good coding practices
- Skills in algorithm design and computational biology
- Experience in deep learning
- Ability to work independently and also to work in a team
- Excellent oral and written English skills

**Avantages**:

- Subsidized meals
- Partial reimbursement of public transport costs
- Leave: 7 weeks of annual leave + 10 extra days off due to RTT (statutory reduction in working hours) + possibility of exceptional leave (sick children, moving home, etc.)
- Possibility of teleworking (after 6 months of employment) and flexible organization of working hours
- Professional equipment available (videoconferencing, loan of computer equipment, etc.)
- Social, cultural and sports events and activities
- Access to vocational training
- Social security coverage

**Rémunération**:
2100€ gross/month the 1st year

**Informations générales**:

- **Thème/Domaine**: Biologie numérique
Biologie et santé, Sciences de la vie et de la terre (BAP A)
- **Ville**: Villers lès Nancy
- **Centre Inria**: Centre Inria de l'Université de Lorraine
- **Date de prise de fonction souhaitée**:
- **Durée de contrat**: 3 ans
- **Date limite pour postuler**:

**Consignes pour postuler**:
**Sécurité défense**:
Ce poste est susceptible d'être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n° relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L'autorisation d'accès à une zone est délivrée par le chef d'établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l'arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l'annulation du recrutement.

**Politique de recrutement**:
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.

**Contacts**:

- **Équipe Inria**: CAPSID
- **Directeur de thèse**:
**A propos d'Inria**:
Inria est l'institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 215 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3900 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l'interface d'autres disciplines. L'institut fait appel à de nombreux talents dans plus d'une quarantaine de métiers différents. 900 personnels d'appui à la recherche et à l'innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde. Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 200 start-up. L'institut s'efforce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l'économie.