Doctorant(E) Bidisciplinaire Informatique - Lyon e, France - CNRS

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Entreprise vérifiée

Lyon e, France

il y a 1 semaine

Posté par:

Sophie Dupont

beBee Recruiter

Description

Cette offre est disponible dans les langues suivantes:

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Date Limite Candidature : mardi 19 septembre 2023

**Informations générales**:
**Intitulé de l'offre **:Doctorant(e) bidisciplinaire informatique - biologie (H/F)**
Référence : UMR5242-FABROG-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : LYON 07
Date de publication : mardi 29 août 2023
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2135€ brut / mois
Section(s) CN : Biologie cellulaire, développement, évolution-développement, reproduction

**Description du sujet de thèse**:
L'objectif du projet de thèse est d'identifier les facteurs mécaniques qui contrôlent l'orientation de la division cellulaire pendant l'embryogenèse des algues brunes. Plus spécifiquement, le projet abordera le rôle des déterminants mécaniques internes (par exemple la dynamique des microtubules) et externes (par exemple le stress au sein du tissu) dans le changement d'orientation de la division cellulaire qui se produit pendant la transition entre les phases de différentes directions de croissance.
Le travail nécessitera le développement et l'utilisation de modélisations et simulations numériques concernant l'alignement des centrosomes, le déplacement du noyau et la cytokinèse, dans des cellules individuelles et dans des tissus. Il sera complété par des observations de tissus d'algues brunes marqués aux colorants vitaux en microscopie optique à fluorescence et confocale.
Il sera organisé en 4 tâches.
Tâche 1. Imagerie cellulaire 3D dans les embryons d'algues brunes en croissance.
Le doctorant analysera les images obtenues à partir de la surveillance d'embryons d'algues brunes se développant dans une, deux et trois dimensions spatiales sur ~ 5-10 jours. L'accent sera mis sur les cellules qui inclinent l'orientation de leur plan de division cellulaire et sur les cellules voisines qui ne le font pas. À partir des images (obtenues par un biologiste cellulaire de l'équipe), le doctorant extraira des valeurs quantitatives de la taille et de la forme des cellules en 3D à l'aide d'un logiciel d'analyse d'images (par exemple, Fiji). En outre, il suivra la dynamique des filaments d'actine corticaux (AF) et des microtubules (MT), en particulier ceux qui poussent à partir des asters qui sont impliqués dans des processus mécaniques tels que la poussée ou la traction corticale qui déplace les centrosomes au cours du cycle cellulaire (Deshpande & Telley, Semin. Cell Dev. Biol La densité et la localisation d'organites comme les chloroplastes et les vacuoles complèteront la carte morphométrique et l'organisation intracellulaire des cellules embryonnaires.
Tâche 2. Prédiction des trajectoires des centrosomes dans les cellules embryonnaires d'algues brunes en croissance : développement du logiciel Cytosim.
Le logiciel Cytosim prédit in silico le déplacement des centrosomes en réponse aux forces mécaniques générées par les MTs (Nedelec & Foethke, J Physics Nous avons déjà montré que la forme et la taille des cellules ont un impact sur la position des centrosomes lorsque seule la poussée corticale et un taux de catastrophe donné des MTs sont pris en compte par Cytosim (non publié). En outre, les chloroplastes et les vacuoles présents dans le cytoplasme des cellules d'algues brunes devraient avoir un impact sur la rhéologie du cytoplasme et entraver la croissance des microtubules astraux. Par conséquent, le logiciel libre Cytosim (écrit en C++) sera modifié pour permettre la simulation du déplacement des centrosomes i) dans des cellules en croissance (changement de la forme et de la taille de la cellule au cours du temps) ii) avec la présence d'organites (densité, localisation) et iii) avec différents taux de catastrophe, en accord avec les observations de la tâche 1. De plus, le rôle de la traction corticale et cytoplasmique sur le déplacement du centrosome sera testé in silico.
Tâche 3. Prévoir l'impact des contraintes mécaniques des cellules voisines.
Dans les algues multicellulaires, les cellules sont en contact avec leurs voisines à travers leurs parois cellulaires, qui appliquent des contraintes dues à la pression de turgescence. Cela peut conduire à une compression ou à une tension des tissus, modifiant la croissance cellulaire et potentiellement l'organisation du cytosquelette. Ces forces externes, modélisées par des simulations mécaniques (Vertex Models ou Finite Element Models) seront couplées à la mécanique intracellulaire étudiée dans la tâche 2. Cela nécessitera le développement d'un pipeline logiciel permettant la communication entre les deux simulations lorsqu'elles fonctionnent en parallèle. Ce travail sera réalisé en collaboration avec un informaticien de l'équipe.
Tâche 4. Test des modèles.
Les modèles développés dans les tâc