Ingénieur de recherche/ Ingénieure de recherche - Paris, France - CNRS

Description

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur de recherche/ Ingénieure de recherche (H/F)- évolution d'algues marines
Référence : UMR7238-RICDOR-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mardi 9 avril 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 30 mois
Date d'embauche prévue : 2 janvier 2025
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2783 et 2941 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Biologie intégrative des organismes photosynthétiques et des microorganismes associés

Missions

Les haptophytes sont un groupe d'algues marines écologiquement important, constituant jusqu'à un tiers des eucaryotes photosynthétiques de l'océan pélagique. Les haptophytes possèdent un chloroplaste dérivé de l'endosymbiose secondaire ou supérieure d'une algue rouge, mais dont l'origine directe est inconnue. Ce chloroplaste est entouré de quatre membranes, comme celui d'autres groupes d'algues marines abondantes telles que les diatomées, les pélagophytes et les cryptomonades. Les haptophytes sont néanmoins très éloignés de toutes ces lignées, leurs groupes soeurs immédiats (centrohelidés, telonémidés) ne possédant pas de chloroplastes.

Auparavant, l'équipe hôte a identifié des signaux complèxs dans le chloroplaste de l'haptophyte qui pourraient indiquer plusieurs origines endosymbiotiques. Un grand nombre de protéines codées dans le noyau et ciblant le chloroplaste des haptophytes, sont originaires des pélagophytes, ce qui pourrait suggérer que le chloroplaste dérive d'une endosymbiose tertiaire ou supérieure de cette lignée. En revanche, le génome du chloroplaste des haptophytes dérive très probablement des cryptomonades, ce qui peut suggérer une origine endosymbiotique chimérique ou sérielle, avec des conséquences inconnues pour la biologie et l'écologie des haptophytes. Enfin, la manière dont les protéomes chloroplastiques varient entre les algues haptophytes reste mal comprise.

Références :

Dorrell et al, Chimeric origins of ochrophytes and haptophytes revealed through an ancient plastid proteome, eLife https:///articles/23717

Penot et al, Genomic and meta-genomic insights into the functions, diversity and global distribution of haptophyte algae, Appl Phycol /doi/full/10.1080/

Activités

Ce projet cherchera à comprendre l'évolution profonde du chloroplaste haptophyte à un niveau expérimental et informatique. Le candidat bénéficiera en particulier d'un projet de séquençage communautaire JGI visant à révéler le pan-génome des haptophytes, dont le chef d'équipe est un coordinateur.

D'une part, le candidat pourra tenter d'isoler des plastes pour la protéomique expérimentale d'espèces modèles d'haptophytes. Pour ce faire, le candidat pourra utiliser librement une collection de cultures d'haptophytes maintenue dans l'équipe hôte, pour la sélection des espèces, la culture et le fractionnement des cellules. D'autre part, le candidat pourra participer au séquençage de génomes permettant de comprendre les événements profonds de l'évolution des haptophytes. Il peut s'agir de membres cultivés des protistes non-photosynthétiques qui sont évolutivement proche d'haptophytes, séquencés à l'aide de technologies à lecture courte et longue (Nanopore).

Parallèlement à ces projets expérimentaux, le candidat pourra participer à la reconstruction informatique du protéome chloroplastique des haptophytes. Cela impliquera l'annotation et l'interprétation du génome, la localisation in silico de nouvelles protéines chloroplastiques et des reconstructions phylogénétiques et environnementales du chloroplaste haptophyte en utilisant les données méta-génomiques de l'expédition Tara Oceans.

Compétences

Des compétences en matière de culture stérile de micro-organismes, en particulier d'algues ou de protistes, sont essentielles.
- Une expérience de l'analyse des protéines, par exemple de SDS-PAGE et du Western Blot, est souhaitée mais pas indispensable
- Une expérience de l'extraction d'ADN et du séquençage Nanopore est souhaitée mais pas indispensable
- Une expérience préalable en bioinformatique (bash, python, R) est vivement souhaitée.
- Une expérience préalable de la phylogénétique est vivement souhaitée.
- Une bonne organisation et un intérêt ou une curiosité pour la biologie des algues et leur phylogénétique sont essentiels.
- Une expérience préalable de la rédaction ou de la communication scientifiques est fortement souhaitée.
- La volonté d'échanger en anglais à l'oral et à l'écrit est essentielle pour les collaborations avec des partenaires internationaux.

Contexte de travail

Le LCQB est un laboratoire interdisciplinaire travaillant à l'interface entre la biologie et les sciences quantitatives. Il est construit pour promouvoir une interaction équilibrée des approches théoriques et expérimentales en biologie et pour favoriser la définition de nouvelles questions expérimentales, l'analyse des données et la modélisation des phénomènes biologiques. Nos projets abordent des questions sur les structures et les processus biologiques à travers la collecte de mesures expérimentales, la génération in silico de nouvelles données biologiques qui restent aujourd'hui inaccessibles aux expériences (modélisation des systèmes biologiques), le développement de méthodes statistiques pour l'analyse des données, et la conception d'algorithmes originaux destinés aux prédictions. Le laboratoire est soutenu par le CNRS et Sorbonne Université.

Le LCQB est l'un des laboratoire de l'Institut de Biologie Paris-Seine (IBPS).

Localisation (Direction/service) :
UMR 7238 CNRS - Sorbonne Université Campus Jussieu
Bât. C - 4ème étage
4, place Jussieu
75005 Paris, France

Contraintes et risques

Ce projet implique l'utilisation de techniques de biologie moléculaire (notamment : manipulation de phénol, BET, rayons UV) et d'informatique (travail sur écran, travail isolé). Aucun risque particulier à ce projet n'est attendu.

Informations complémentaires

Ce poste sera soutenu par une subvention ERC StG (ChloroMosaic, https:///project/id/ attribué au récruteur. Le contrat sera établi sur une base renouvelable de 12 mois avec une durée maximale de 30 mois.