Microscopie de fluorescence de particules uniques pour l'étude de processus dynamique dans le cerveau à très haute résolution - Talence, France - CNRS
Description
Informations générales
Intitulé de l'offre : Microscopie de fluorescence de particules uniques pour l'étude de processus dynamique dans le cerveau à très haute résolution (H/F)
Référence : UMR5298-LAUCOG-011
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : TALENCE
Date de publication : jeudi 4 avril 2024
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 30 septembre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2135 € bruts mensuels
Section(s) CN : Matière condensée : organisation et dynamique
Description du sujet de thèse
Le suivi de particules uniques permet d'explorer la morphologie et la fluidité d'un environnement complexe à haute résolution spatio-temporelle. Pour cela, différents types de nano-objets fluorescents peuvent être envisagés en fonction de leur morphologie (0D-1D) ou de leurs propriétés de fluorescence. Sur la base de ces atouts, nous avons récemment démontré que l'imagerie de nanotubes de carbone au niveau du nanotube unique permet d'étudier la complexité des morphologies de tissus biologiques prélevés à l'échelle nanométrique. Différents efforts doivent encore être accomplis pour transférer ce savoir-faire à l'imagerie in vivo du petit animal. L'objectif de ce projet de doctorat sera de développer des techniques de microscopie optique corrélatives impliquant le suivi 3D de nanoparticules (nanotubes de carbone ou nanoparticules d'or) pour des applications de détection de la fluidité des processus moléculaires dans le cerveau in vivo et comparer ces résultats aux études sur tranches de cerveaux ex vivo. Une étape importante sera (i) de permettre d'atteindre des structures profondes du cerveau par relai d'image avec lentilles à gradient d'indice, (ii) adapter une méthode d'imagerie de phase sans marqueur permettant une imagerie corrélative avec la fluorescence de particules uniques en rétrodiffusion permettant de repérer les structures du cerveau étudiées et corriger les mouvements 3D physiologiques des tissus (iii) corriger les aberrations optiques induite par le relai d'imagerie et les tissus biologiques. Le laboratoire bénéficie de tout l'environnement réglementaire et collaboratif pour effectuer ce travail hautement interdisciplinaire dans le cadre de l'ERC synergy portée par l'encadrant de cette thèse.
Missions
La mission du postdoctorant consistera à développer des techniques de microscopie optique correlatives impliquant la haute résolution/super-résolution (single particle tracking), l'imagerie de phase et l'imagerie computationnelle dans des cerveaux vivants. Un aspect important sera de prendre en compte la nature 3D, dense et épaisse de l'environnement.
Activités
ingénierie optique - alignement laser - microscopie optique - conception et montage d'expériences - préparation d'échantillons de microscopie - interfaçage instrumentation / ordinateur - codage informatique (Python, Matlab) - analyse de données - modélisation - rédaction de rapports et articles - veille scientifique
Compétences
Compétences avérées en - microscopie optique à haute résolution - imagerie de phase - imagerie computationnelle - conception optique - biophysique ou nanosciences - analyse d'image et simulations Goût pour l'interdisciplinarité
Contexte de travail
Ce projet pluridisciplinaire se déroulera sur le campus de l'Université de Bordeaux dans le cadre d'une ERC Synergy Award, dans le laboratoire de Laurent Cognet (Laboratoire photonique, numérique, nanosciences, /) en collaboration avec le Dr Laurent Groc (Institut interdisciplinaire des neurosciences ; /), le Dr Erwan Bézard (Institut des maladies neurodégénératives, -bordeaux. fr/), et Pr. Valentin Nägerl (Institut interdisciplinaire de neurosciences ; /). Le laboratoire LP2N est reconnu mondialement pour ses recherches dans le domaine de l'optique et de ses interfaces.
Informations complémentaires