Data Manager Séquençage Avec Valence Informatique - Lyon e, France - GCS AURAGEN

Description

**ÉTABLISSEMENT**

**AURAGEN AU**vergne **R*hône-**A**lpes **Gén*omique

PLATEFORME DE SEQUENÇAGE TRES HAUT DEBIT A VISEE SANITAIRE

Groupement Hospitalier Centre

Bâtiment 7

5 Place d'ARSONVAL

69003 LYON cedex 03

**CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DU SERVICE/LABORATOIRE**

Le projet AURAGEN est un des deux projets retenus dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025).

Le laboratoire de biologie médicale multisite (LBMMS) AURAGEN comporte une plateforme de séquençage très haut débit à visée sanitaire localisée sur l'hôpital Edouard Herriot de Lyon (HEH), dont l'objectif est de produire, à terme, équivalents génomes par an.

Le site HEH du LBMMS AURAGEN a pour mission de recevoir les prélèvements, extraire l'ADN, préparer les librairies et réaliser des exomes, transcriptomes et génomes entiers.

L'environnement est le Groupement Hospitalier Centre des Hospices Civils de Lyon (HCL) avec les services supports des HCL.

Les données de séquence sont traitées sur les sites du CHU Grenoble Alpes et du Centre Léon Bérard de Lyon. Le data manager sera localisé sur le site HEH.

**DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE**

Le data manager du LBMMS AURAGEN a pour principales missions:

- Collecte/centralisation des données venant des différents systèmes d'informations du laboratoire
- Suivi/Formulation des données en indicateur de suivi de performance (KPI);
- Réalisation des tableaux de bord permettant de suivre l'activité et la qualité de la plateforme
- Vérification de la validité et fiabilité des données ;
- Analyses exploratoires des données multiparamétriques (Description, explication, prédiction des données, interprétation des résultats)
- Tests et études statistiques
- Assurer le flux des données sur la plateforme de séquençage, jusqu'au cluster de calcul de Grenoble.
- Seconder l'ingénieur informatique pour la gestion des systèmes d'information, des réseaux et la sécurité du SI
- Conseil et formation.

**PRINCIPALES ACTIVITÉS DU POSTE**

1) Participer à la conception de tableaux de bord
- Mise à jour/ évolution/ conception des programmes informatiques de listing des données pour la conception des tableaux de bord automatisés de suivi d'activité de performances et de pilotage interne
- Participer à l'automatisation progressive des QC post-séquençage (en lien avec les bioinformaticiens du LBMMS)

2) Evolution/ conception de dashboard de suivi, d'acquisition et d'explorations des données en conformité avec le cahier des charges (Shiny, R)

3) Gestion et requêtage de bases de données pour extraction des données
- Collecte, gestion et transfert des flux de données du laboratoire
- Contrôle de la cohérence des données collectées.
- Procéder aux corrections des programmes de requêtes d'extraction en cas d'incohérence
- **Comprendre et maîtriser les Systèmes de Gestion de Base de Données (SGBD) **(Microsoft SQL Server)

4) Analyse et exploration de données multiparamétriques
- DataVizualisation (Savoir traduire les données en informations visuelles et facilement interprétables)
- Mesure des performances du processus analytique
- Analyses exploratoires multiparamétriques des données internes de la plateforme en cas de dérives, incohérence des standards définis par les contrôles qualité (Analyse des corrélations entre facteurs, analyser quand ou comment se produise les défauts, exploitation des outliers)
- Définition et prédiction des seuils de validation technique au fil du temps
- Tests statistiques (analyses quantitatives et qualitatives)

5) Assurer le flux des données sur la plateforme de séquençage, jusqu'au cluster de stockage
- Contrôler le flux de données informatiques en amont du séquençage (LIMS) et aval (serveur tampon).
- Vérifier que les données ont été transférées sur le cluster de stockage
- Gérer/corriger les problèmes éventuels de transfert
- Aide à la mise en place d'une solution de stockage temporaire en cas de coupure réseau de grande envergure

6) Seconder l'ingénieur informatique pour la gestion des systèmes d'information, des réseaux et la sécurité du SI
- Participer au paramétrage du LIMS pour répondre aux besoins de production
- Aide au maintien en conditions opérationnelles du Système d'Information de la plateforme AURAGEN (mises à jour correctives, évolutives, préventives (pilotage, planification / mise en œuvre), industrialisation / automatisation des outils, maintien à jour des documentations) et mise en place d'outils de surveillance et de tableau de bord technique (gestion des performances du SI).
- Suppléer l'ingénieur informatique en cas d'absence.

7) Conseil et formation et support logiciel LIMS, outil d'e-prescription.
- Etre force de proposition sur les évolutions techniques
- Anticiper les besoins et savoir proposer une vision à court et moyen termes dans le respect des budgets et moyens d