Post-doctorat en bioinformatique - Saint-Cloud, France - Université PSL
Description
À propos de nous
Le Centre de recherche de l'Institut Curie
L'Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d'un hôpital et d'un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale.
L'objectif du Centre de recherche de l'institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d'utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l'innovation au service du malade.
Mission
Laboratoire
L'équipe Cavalli recherche un.e chercheur.e post-doctorant pour étudier l'hétérogénéité au sein de tumeurs cérébrales pédiatriques.
L'équipe Bioinformatique et Génomique Intégrative des Cancers développe ses travaux au sein de l'unité U900, Cancer et Génome : Bioinformatique, Biostatistiques et Épidémiologie des Systèmes Complexes (INSERM, Mines ParisTech, Institut Curie) à l'Institut Curie. Ce département est composé de ~90 chercheurs et étudiants regroupés au sein d'équipes multidisciplinaires grandissantes composées de bioinformaticiens, biologistes, médecins, mathématiciens, statisticiens, physiciens et informaticiens (page unité U900).
L'équipe Cavalli étudie l'hétérogénéité tumorale pour répondre à des questions cliniques importantes. Nous développons au sein du laboratoire des approches génomiques pour étudier différents aspects cliniques de la biologie des tumeurs cérébrales en analysant des données générées à partir d'échantillons de patients. Plus spécifiquement, nous étudions l'hétérogénéité intra-tumorale et spatiale, les interactions avec le microenvironnement, et l'évolution des gliomes et des tumeurs pédiatriques cérébrales. Nos projets sont développés dans un environnement dynamique et collaboratif avec les chercheurs et cliniciens de l'Institut Curie et nationaux /internationaux.
Projet de recherche
Nous recherchons un(e) chercheur(se) motivé(e) et talentueux(se) pour contribuer au projet ENCOURAGER, un projet collaboratif financé par la fondation européenne Fight Kids Cancer. Ce projet a pour but d'étudier les causes de la résistance de traitements ciblés dans les gliomes pédiatriques. Le/la candidat(e) étudiera l'évolution longitudinale de l'évolution des gliomes sous traitement ciblé avec l'analyse d'un nouveau jeu de données multi-omic à l'échelle de la cellule unique provenant de modèles PDXs. Ce projet est mené en collaboration étroite avec le laboratoire de Dr. Ana Guerreiro Stücklin (University Children's Hospital, Zurich) qui réalise les expériences sur les tumeurs et modèles. Le/la candidat(e) sélectionné aura terminé sa thèse récemment, des publications montrant des stratégies d'analyses de données pointues/innovantes. Il/elle aura l'ambition de déchiffrer la complexité de la biologie des gliomes pédiatriques, particulièrement l'hétérogénéité intra-tumorale, en réalisant des analyses bioinformatiques poussées à partir de nouveaux types de données de séquençages à l'échelle de la cellule unique.
Responsabilités
Développer et mener un projet de recherche ciblant l'hétérogénéité tumorale/résistance au traitement
Analyse complète de données (qualité, traitement, normalisation, résultats, visualisation, interprétation...) à partir de données brutes
Analyser des données single-cell RNA-seq et single-nucleus ChIP-seq
Analyse de données à grande échelle et intégration de différents types de données « omique »
Utilisation et développement de méthodes et de stratégies pour évaluer la résistance au traitement
Profil
Formation et compétences
Thèse en bioinformatique, statistique ou informatique avec des connaissances et un intérêt pour la biologie
Avoir développé des stratégies d'analyses de données innovantes
Avoir développé des connaissances importantes dans un ou plusieurs des domaines suivants : génomique, biologie des cancers ou statistiques
Être familier avec le travail sous l'environnement Unix
Très bonnes compétences en programmation
Maîtrise des outils d'analyses des données de séquençage
Maîtrise d'analyses statistiques avec le logiciel R
Une expérience d'analyse de données à l'échelle de la cellule unique est désirable
Une compréhension de la biologie cellulaire est un atout ainsi qu'une expérience de collaboration avec des biologiques pour résoudre une question donnée.
Excellente communication verbale et écrite en anglais
Aptitudes requises
Doit être motivé(e) et capable de travailler en autonomie
Force de proposition
Esprit d ́équipe essentiel
Capacité à bien communiquer avec les biologistes et médecins
Toutes nos opportunités sont ouvertes à des personnes en situation de handicap.
Type de contrat : CDD
Date de démarrage : dès que possible
Durée du contrat : 2 ans
Temps de travail : Temps complet
Rémunération : selon les grilles en vigueur
Avantages : Restauration collective
Localisation du poste : Saint-Cloud
Contact
Pour postuler, merci d'envoyer CV, lettre de motivation et les coordonnées de 3 référents
Date limite des candidatures : 28 Avril 2024
L'Institut Curie est un employeur inclusif respectant l'égalité des chances.
Il s'engage également à appliquer des normes exigeantes en matière d'intégrité de la recherche.