H/F Chercheur/chercheuse sur le projet HYAM d'introgression et d'adaptation - Provence, France - CNRS
Description
Informations générales
Intitulé de l'offre : H/F Chercheur/chercheuse sur le projet HYAM d'introgression et d'adaptation
Référence : UMR7263-KHEBOU-037
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARSEILLE 07
Date de publication : vendredi 23 février 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2 992€ à 4 669€
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : Hommes et milieux : évolution, interactions
Missions
Le chercheur/la chercheure sera responsable de l'assemblage de génomes entiers de plusieurs espèces (plantes et gorgones), contribuera au traitement de données HYBseq et développera des analyses d'introgression et de sélection. Les données HYBseq et génomiques brutes seront partiellement acquises, ce qui permettra de commencer les analyses dès le début du contrat. Le poste est principalement axé sur l'analyse des données, mais une contribution ponctuelle aux travaux de terrain et de laboratoire est attendue.
Il/elle devra également contribuer à la supervision d'étudiants en master et en doctorat et à la vulgarisation scientifique lors d'ateliers sur les questions de conservation liées au projet avec des naturalistes et des gestionnaires de l'environnement. Le projet impliquera une collaboration avec le Parc National des Calanques. Il/elle bénéficiera d'une phase initiale de caractérisation de l'environnement et d'évaluation de la structure de la diversité génétique des organismes étudiés, ainsi que du soutien des installations de calcul à haute performance et de biologie moléculaire de l'OSU Pytheas, de l'IMBE et du MIO.
Activités
Bio-informatique : assemblage de génomes et annotation, recherche de variants
Analyse des données : génomique des populations (test d'introgression, scans de sélection, inférences démographiques)
Rédaction scientifique : diriger et contribuer à la rédaction des articles de recherche du projet HYAM
Vulgarisation scientifique : contribuer à la diffusion des résultats et problématique du projet.
Compétences
Le candidat doit avoir de solides connaissances en bio-informatique et en génomique des populations, y compris des capacités à coder en bash, python ou un autre langage de programmation, et à utiliser un cluster de calcul. Une expérience dans l'analyse des données de génomes entiers et de l'évolution par hybridation sera un avantage. Le candidat doit parler et écrire couramment l'anglais.
Contexte de travail
Le poste est proposé à Aix-Marseille Université en génomique des populations. L'objectif général est d'étudier le rôle de l'introgression adaptative pour la persistance de la biodiversité marine et terrestre dans un contexte de pollution côtière par des activités industrielles passées. Le projet HYAM (pour "Hybridation and Adaptation in a Mediterranean coastal city") est financé par la fondation A*Midex et débutera en 2024. Un résumé du projet est présenté ci-dessous. HYAM est dirigé par Alex Baumel (laboratoire IMBE) et Didier Aurelle (laboratoire MIO) et regroupe plusieurs équipes offrant des collaborations riches et diverses aux frontières de la biologie évolutive, de l'écologie et de la conservation de la biodiversité.
HYAM abstract : L'étalement urbain brouille les frontières entre les milieux anthropisés et naturels. A Marseille, cette nouvelle écologie est très marquée dans les milieux terrestres et marins du littoral. Les effets des contraintes anthropiques sur les phénomènes d'évolution et de spéciation sont encore méconnus. L'hybridation peut jouer un rôle majeur dans la capacité d'adaptation à ces nouveaux environnements. Nous proposons d'explorer les limites génétiques et les échanges entre espèces pour comprendre l'évolution biologique dans une zone littorale au sein d'une grande ville méditerranéenne et de sa périphérie. Nous étudierons des plantes terrestres (Teucrium et des animaux marins sessiles (Eunicella qui ont en commun d'être pris dans la même spirale d'altération de leur environnement par l'urbanisation et la pollution. Dans les deux cas, nous considérerons l'évolution de trois taxons. Nous produirons des génomes de référence qui seront ensuite utilisés pour le génotypage et la caractérisation de la diversité génétique neutre et adaptative. Le long des gradients de pollution, nous évaluerons la tendance démographique (populations stables ou régressives) et rechercherons des marqueurs adaptatifs et leur lien avec l'hybridation. Nous chercherons ainsi à comprendre le rôle des échanges interspécifiques dans la réponse évolutive des espèces aux contraintes anthropiques, récente à l'échelle de l'évolution. Les résultats seront utiles pour la gestion des écosystèmes marins et terrestres du littoral dans le cadre d'un parc national.
Le contrat initial est de 12 mois avec possibilité de renouvellement jusqu'à un maximum de 36 mois. Le contrat commencera au 1er octobre 2024.
Pour des informations informelles et les détails de la candidature, veuillez contacter Alex Baumel et Didier Aurelle
Contraintes et risques
Le candidat ne doit pas avoir obtenu son dernier diplôme à Aix-Marseille Université.