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Marcq-en-Barœul

    BioInformaticien(ne) en alternance - Marcq-en-Barœul, France - lesaffre

    lesaffre
    lesaffre Marcq-en-Barœul, France

    il y a 3 jours

    Default job background
    Apprenticeship - Apprentissage
    Description
    Job area Recherche & Développement Category Corporate Location Marcq-en-Barœul, France Contract type Apprenticeship - Apprentissage

    Job description

    Dans le cadre de cette alternance, vous intégrez le département BioData responsable de l'analyse de données biologiques générée au sein du groupe Lesaffre. Ses missions principales sont les suivantes :

  • Soutenir les projets en termes de conception scientifique, et promouvoir de bonnes pratiques statistiques au sein de l'entreprise.
  • Centraliser toutes les données de séquençage de nouvelle génération et déployer des pipelines bio-informatiques.
  • Développer des méthodes et des outils informatiques pour intégrer et analyser des données multi-omiques.
  • Travailler en étroite collaboration avec les autres centres d'excellence du LIST sur des problématiques d'ingénierie métabolique ou d'optimisation de procédés de fermentation.

    • Basé(e) au siège, vous serez rattaché(e) à l'équipe CAIB (Computation and AI for Biology) et serez chargé(e) du développement de pipelines bio-informatiques et de l'analyses de données « omics » issues du séquençage de génomes de levures et de bactéries.

    Vos missions seront :

  • Elaborer et maintenir des pipelines Nextflow pour le traitement des données de séquençage sur une infrastructure distribuée.
  • Assurer la standardisation, portabilité et la traçabilité des codes informatiques et des pipelines dans une démarche DevOps (Git, tests-unitaires, CI/CD).
  • Analyser des données « omics » issues de séquençage de levures et bactéries en lien avec des problématiques applicatives de Lesaffre.
  • Diffuser et valoriser les résultats au sein du groupe et de la communauté scientifique.

    • Qualifications

    Vous êtes étudiant(e) en master, école d'ingénieur ou équivalent avec une spécialisation en bio-informatique. Vous recherchez un contrat en alternance à partir de septembre 2024.

    Langues :

    Bonne maîtrise de l'anglais (écrit et oral).

    Compétences :

  • Compétences en langages de programmation (Python, R, Bash) dans un environnement Unix.
  • Expérience en analyse de donnée génomiques, transcriptomiques ou métagénomiques.
  • Connaissances en gestion de workflows bio-informatiques, en système de contrôle de version et en intégration continue.
  • Autonome, rigoureux(se), réactif(ve), vous êtes doté(e) de réelles capacités à travailler en équipe.