Régulations de L'épissage Des Arn Par de Nouveaux - Paris, France - Université Paris-Saclay GSLife Sciences and Health

Université Paris-Saclay GSLife Sciences and Health

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Paris, France

il y a 1 semaine

Posté par:

Sophie Dupont

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Description

**Régulations de l'épissage des ARN par de nouveaux partenaires du facteur U2AF. // RNA splicing regulations by novel U2AF partners.**:

- Réf **ABG-120245**
**ADUM-52933**
- Sujet de Thèse- 13/02/2024- Université Paris-Saclay GSLife Sciences and Health- Lieu de travail- Evry - France- Intitulé du sujet- Régulations de l'épissage des ARN par de nouveaux partenaires du facteur U2AF. // RNA splicing regulations by novel U2AF partners.- Mots clés- épissage des ARN, Interactions protéine-protéine, interactions ARN-protéine
- RNA splicing, protein-protein interactions, RNA-protein interactions**Description du sujet**:

- L'épissage des ARNs est une étape clé de l'expression des génomes, souvent altérée dans les maladies génétiques et les cancers. Cependant, une connaissance détaillée des mécanismes permettant la reconnaissance précise des sites d'épissage et l'assemblage de la machinerie d'épissage sur les introns cibles fait encore défaut.
- Cette machinerie d'épissage, le spliceosome, est constitué de cinq complexes ribonucléoprotéiques et de protéines accessoires. Ces facteurs s'associent de novo par étapes sur l'ARN cible pour chaque évènement d'épissage. Dans une étape précoce, le complexe U2 snRNP se lie sur l'intron à une séquence dite séquence de branchement. Cette étape nécessite au préalable la reconnaissance par le facteur U2AF (U2 snRNP Auxilliary factor) d'une séquence riche en pyrimidine située en amont du site accepteur d'épissage. U2AF est un hétérodimère: sa grande sous unité, U2AF2, aussi appelée U2AF65, est impliquée dans la reconnaissance des pyrimidines et sa petite sous unité U2AF1 se fixe elle au site 3' d'épissage.
- U2AF2 joue ainsi un rôle central et essentiel pour la formation du spliceosome. Ses interactions avec d'autres facteurs comme SF1 sont impliquées dans le positionnement de U2AF2 sur sa séquence cible riche en pyrimidine. Mais différentes données suggèrent que ce facteur est impliqué dans un réseau d'interaction plus complexe lors de la formation du spliceosome. Nos travaux récents ont permis en particulier d'identifier un ensemble de nouveaux partenaires potentiels de ce facteur correspondant vraisemblablement à des modes de régulations originaux.
- Sur la base de nos résultats préliminaires, le projet de thèse visera à caractériser les interactions biochimiques et fonctionnelles entre U2AF2 et plusieurs de ces nouveaux partenaires potentiels. L'étudiant mettra en œuvre des techniques biochimiques pour confirmer ces interactions et déterminer les domaines impliqués. Le rôle de ces interactions dans l'épissage sera recherché en analysant les conséquences de knockdown ou d'expression de formes mutées de ces facteurs sur des évènements d'épissage dépendant on non de U2AF2. Finalement le rôle de ces facteurs sur la liaison à l'ARN de U2AF2 sera recherché. L'ensemble des résultats obtenus permettra alors de proposer un modèle d'action de ces nouveaux partenaires sur les fonctions de U2AF2 dans l'épissage.
RNA splicing is a key step in genome expression, often altered in genetic diseases and cancers. However, detailed knowledge of the mechanisms enabling the precise recognition of splice sites and the assembly of the splicing machinery on target introns is still lacking.
- This splicing machinery, the spliceosome, is made up of five ribonucleoprotein complexes and accessory proteins. These factors associate de novo in stages on the target RNA for each splicing event. In an early step, the U2 snRNP complex binds on the intron to a sequence called branch point sequence. This step first requires recognition by the U2AF factor (U2 snRNP Auxiliary factor) of a pyrimidine-rich sequence located upstream of the splice acceptor site. U2AF is a heterodimer: its large subunit, U2AF2 or U2AF65, is involved in the recognition of the pyrimidines tract and its small subunit, U2AF1, binds to the 3' splice site.
- U2AF2 thus plays a central and essential role for the formation of the spliceosome. Its interactions with other factors such as SF1 are involved in the positioning of U2AF2 on its pyrimidine-rich target sequence. But different data suggest that this factor is involved in a more complex interaction network during spliceosome formation. Our recent work has made it possible in particular to identify a set of new potential partners of this factor probably corresponding to original modes of regulation.
- Based on our preliminary results, the thesis project will aim to characterize the biochemical and functional interactions between U2AF2 and several of these potential new partners. The student will implement biochemical techniques to confirm these interactions and determine the domains involved. The role of these interactions in splicing will be investigated by analyzing the consequences of knockdown or expression of mutated forms of these factors on splicing events depending or not on U2AF2. Finally, th