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Toulouse

    Expert-e en calcul scientifique H/F - Toulouse, France - CNRS

    CNRS
    CNRS Toulouse, France

    il y a 3 semaines

    Cnrs background
    NOEMI
    Description

    Informations générales

    Ouverte aux titulaires et CDI CNRS & fonction publique
    Intitulé de l'offre : Expert-e en calcul scientifique H/F
    Référence : UMR5100-MOBINT-Z53009
    Lieu de travail : TOULOUSE
    Institut : INSB - Institut des sciences biologiques
    Date de publication : vendredi 3 mai 2024
    Session : Campagne Printemps 2024
    Groupe de Fonction : IRG2
    BAP : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
    Emploi type : Expert-e en calcul scientifique

    Missions

    L' en calcul scientifique travaillera au sein de l'équipe « Multiscale Modelling of Biological
    Membranes and their interactions » (M2BMi) du LMGM pour le développement et le déploiement de
    nouvelles méthodes de modélisation multi-échelles de macromolécules biologiques lipidiques et
    nucléiques en relation avec leurs partenaires protéiques.
    Il/Elle développera des approches d'intelligence artificielle (IA) appliquées à la modélisation de
    systèmes moléculaires ainsi qu'à leurs interfaces (lipides, protéines, et acides nucléiques).

    Activités

    Le/la sera en charge de :

    - Développer des méthodes innovantes pour exploiter les données d'interactions entre macromolécules
    biologiques (en particulier lipides, protéines et acides nucléiques) générées par les différentes
    méthodes de modélisation utilisées au sein de l'équipe d'accueil.
    - Piloter des projets techniques permettant le déploiement de workflows de modélisation multi-
    échelles (de l'atome à l'organisation multi-cellulaire).
    - Développer des codes scientifiques, pour la visualisation, l'analyse, et la compréhension de la
    dynamique des systèmes moléculaires.
    - Assurer la gestion du cycle de vie des données de calcul générées par l'équipe, leur organisation
    et le suivi de leur exploitation.
    - Assurer l'intégration des données, obtenues expérimentalement au sein de l'institut et des
    partenaires extérieurs, aux modèles numériques et multi-échelles.
    - Travailler à l'interface avec les équipes d'expérimentateurs et proposer des méthodologies
    innovantes, basées sur la modélisation moléculaire et l'IA.
    - Organiser les données de modélisation multi-échelles en vue de leur utilisation dans des approches
    de machine learning.
    - Mutualiser les compétences techniques de l'IA et des modèles de dynamique moléculaire.

    - Apporter un support technique aux membres junior de l'équipe d'accueil.
    - Travailler avec les équipes du centre de calcul régional (CALMIP) pour le déploiement des
    nouvelles méthodes de modélisation multi-échelles et d'IA sur super-calculateur.
    - Assurer une veille technologique des nouvelles méthodes de modélisation multi-échelles et d'IA
    appliquées à la compréhension de la dynamique des systèmes moléculaires et cellulaires.

    Compétences

    Connaissances

    - Connaissances en structure des molécules biologiques
    - Connaissances des outils de calcul scientifique liés à la modélisation moléculaire (Gromacs, NAMD,
    AMBER, Tinker-HP).
    - Connaissances en modélisation moléculaire (amarrage moléculaire), et en simulations de dynamique
    moléculaire (minimisation, équilibration, production).
    - Expertise dans l'interprétation des simulations numériques.
    - Connaissance des programmes d'IA appliqués à la biologie structurale (AlphaFold, modèles de
    diffusion).
    - Expertise dans les techniques et langages de programmation propres aux approches de modélisation
    moléculaire (Python, Tcl, ou C).
    - Bonne expression et compréhension de l'anglais (oral et écrit), niveau B2 à C1 du cadre européen
    commun de référence.

    Compétences opérationnelles

    - Capacité à programmer et développer des pipelines et outils informatiques.
    - Capacité à mettre en œuvre des analyses statistiques en lien avec les données issues des modèles
    numériques développés.
    - Être en soutien technique aux équipes scientifiques du site.
    - Rédiger des documents techniques (manuels utilisateurs) et participer à la rédaction de
    publications scientifiques.
    - Accompagner et conseiller les collaborateurs.
    - Communiquer et faire preuve de pédagogie.
    - Assurer une veille technologique et scientifique.

    Contexte de travail

    Ce poste sera intégré dans l'équipe M2BMi nouvellement créée au LMGM au CBI. Cette équipe développe
    des méthodologies innovantes pour la modélisation multi-échelles et l'intégration des données
    expérimentales aux modèles numériques, afin de mieux caractériser le comportement biophysique des
    membranes biologiques et des protéines se trouvant dans ou à la périphérie de ces membranes. Ces
    approches sont en progression continuelle grâce aux récents développements informatiques et à
    l'évolution constante des puissances de calculs informatiques.
    De plus, elles sont très complémentaires aux approches expérimentales puisqu'elles permettent
    d'obtenir des informations précieuses et difficiles à obtenir autrement sur les propriétés
    biophysiques et dynamiques des systèmes biologiques à des échelles nano-mesomètrique. Ainsi, ces
    approches de modélisation sont mises en œuvre par l'équipe pour étudier des processus biologiques
    indispensables au développement en collaboration avec des équipes du LMGM, et aussi de l'unité MCD
    au CBI.

    Par ailleurs, l'équipe M2BMi renforcera les outils informatiques d'IA développés dans l'équipe MAMBO
    dirigée par P Weiss au CBI, afin de développer des nouvelles approches méthodologiques combinant IA
    et modélisation moléculaire pour permettre une meilleure intégration entre les modèles numériques et
    les données expérimentales, une interface innovante à laquelle sera pleinement associé-e l'IR
    recruté-e.



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