Stage M2 Compétitivité Dans Le Sol de Listeria - Rennes, France - INRAE OPAALE

Description

**Stage Bac +5 (Master 2)**: Etude des interactions biotiques et des marqueurs génétiques impliqués dans la compétitivité dans le sol de Listeria monocytogenes

**Contexte** : La maîtrise des risques sanitaires dans les filières de valorisation des effluents d'élevage nécessite d'identifier et de limiter les flux de pathogènes issus de l'effluent, pendant le procédé de valorisation et au moment de son épandage au sol. La circulation d'agents zoonotiques dans les systèmes agricoles représente en effet un risque sanitaire pour les consommateurs si cette circulation est à l'origine de la contamination de l'aliment. Les deux procédés de traitement des effluents d'élevage sont la digestion anaérobie pour la production de biogaz et le traitement par boues activées destiné à réduire la teneur en azote des effluents. La prévalence de Listeria monocytogenes (Lm) est forte dans les effluents élevages et ce pathogène alimentaire peut être détecté dans les filières de valorisation des effluents. La listériose est l'une des maladies d'origine alimentaire les plus graves en Europe avec des taux d'hospitalisation et de mortalité les plus élevés. A ce jour, la diversité génomique des souches de Lm qui circulent dans les effluents est peu connue alors qu'il est maintenant clairement établi que l'hypervirulence de certains isolats est corrélée avec leur position phylogénétique. De plus, le lien entre cette diversité et la capacité de Lm à persister dans les sols agricoles après épandage n'a pas été étudié.

**Missions** : Vous serez impliqué(e) dans les activités de recherche du projet de thèse « Diversité génomique et compétitivité de Listeria monocytogenes dans les filières de valorisation agronomique des effluents d'élevage ». Dans le cadre de ce projet, la diversité génomique des souches circulant dans ces filières ainsi que leur capacité de survie dans le sol à court terme ont été décrites, et des marqueurs génétiques liés à leur compétitivité dans le sol ont été découverts à l'aide de Genome-Wide Association Studies (GWAS). Vos missions seront:
1. Réaliser des cinétiques pour comprendre le comportement de Lm dans le sol sur un moyen terme (> 1 mois) par des approches de microbiologie culturale.

2. Etudier l'impact de Lm sur la diversité microbienne du sol par séquençage de l'ADNr 16S.

**UR OPAALE** : L'UR OPAALE (« Optimisation des Procédés en Agro-Alimentaire, Agriculture et Environnement ») est une unité de recherche du Centre INRAE Bretagne-Normandie. Localisée à Rennes, elle a pour but de promouvoir des solutions technologiques innovantes de valorisation de matières alimentaires et de biomasses résiduaires pour répondre aux enjeux sociétaux et environnementaux actuels, et d'évaluer leurs impacts par des approches d'évaluation environnementale. Vous travaillerez en étroite collaboration avec Jean Lagarde (Doctorant) et sous la direction de Pascal Piveteau (Directeur de Recherches).

**Conditions** : Recrutement comme stagiaire à l'INRAE de Rennes Centre Beauregard (17 avenue de Cucillé) pour un contrat à durée déterminée de 6 mois. Démarrage du stage souhaité Janvier 2024. Gratification de stage environ 520 € mensuel.

Type d'emploi : Stage
Durée du contrat : 6 mois

Salaire : 520,00€ par mois

Lieu du poste : En présentiel