Ingénieur d'Etude en Bioinformatique et Séquençage nanopore - Montpellier, France - CNRS

Description

Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'Etude en Bioinformatique et Séquençage nanopore (H/F)
Référence : UMR5535-SARADE-052
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 3 mai 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 6 mois
Date d'embauche prévue : 1 juillet 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : A partir de 2304€ brut mensuel ajustable selon experience
Niveau d'études souhaité : Niveau 6 - (Bac+3 ou 4)
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données

Missions

L'ingénieure ou l'ingénieur implémentera le séquençage sur nanopores (MiniON, ONT) de longues molécules d'ADN, et la détection de segments contenant du BrdU. L'agent analysera l'activation des origines de réplication et le timing de réplication des chromosomes de levure. Elle ou il identifiera la nature et l'étendue des translocations générées dans un mutant de levure, en utilisant les logiciels adaptés (Minimap, CuteSV, etc...). Elle ou il participera aussi à l'obtention de banques et au séquençage d'ADN génomique de très grande taille (supérieur à100 kb) permettant de calculer une densité globale de fourches de réplication sur le génome, ou sur un locus donné.

Activités

Préparer les banques de séquençage HMW pour MiniON (Oxford Nanopore Technologies)
- Adapter et implémenter les méthodes publiées de détection de BrdU par séquençage nanopore
Participer avec l'ingénieur en bioinformatique du service à l'analyse des signaux BrdU/EdU et à la cartographie des origines et fourches de réplication
- Utiliser l'appareil SAGE-HLS pour la purification d'ADN de haut poids moléculaire (HMW)
Activités transverses
- Rédiger et présenter des rapports d'expériences ou d'études et notes techniques
- Participer à la gestion des moyens techniques et financiers alloués
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité

Compétences

Connaissances en séquençage sur nanopores, bio-informatique, culture cellulaire, génomique
- Autonomie, rigueur, piloter des instruments scientifiques, utiliser des logiciels multiples
- Savoirs-être Motivation, assiduité, communication, travail en équipe

Contexte de travail

L'IGMM s'organise en 18 équipes de recherche, plateformes technologiques et services logistiques. Ses travaux ont un impact international fondamental en biologie moléculaire et cellulaire. Il est situé sur le campus CNRS historique de la « Route de Mende » et partage de nombreux programmes et plateformes technologiques avec ses instituts partenaires voisins, le CRBM et I'IRIM. Ainsi, outre un atelier et un magasin, les équipes et plateformes ont accès à toutes les technologies de base (imagerie confocale, cytométrie de . Ensemble, ces trois instituts représentent un potentiel de 500 personnes dévolu à la recherche.

L'agent sera amené à travailler dans les locaux de l'équipe d recherche dirigée par Étienne Schwob à l'IGMM. Elle ou il collaborera et bénéficiera de l'aide d'un ingenieure de recherche CNRS du service SERANAD à IGMM pour le développement de logiciels à façon et les analyses statistiques.