Profilage Intégratif de Virus Par Analyse - Montpellier, France - Université de Montpellier

Université de Montpellier

Entreprise vérifiée

Montpellier, France

il y a 4 semaines

Posté par:

Sophie Dupont

beBee Recruiter

Description

**Profilage intégratif de virus par analyse mutationnelle de génome entier // Integrative Profiling of Virus by Genome-Wide Mutational Scanning**:

- Réf **ABG-122707**
**ADUM-56169**
- Sujet de Thèse- 11/04/2024- Contrat doctoral- Université de Montpellier- Lieu de travail- MONTPELLIER Cedex - France- Intitulé du sujet- Profilage intégratif de virus par analyse mutationnelle de génome entier // Integrative Profiling of Virus by Genome-Wide Mutational Scanning- Mots clés- Biologie synthétique, Évolution moléculaire, Biologie des systèmes, Génomique fonctionnelle, Virologie, Haut-débit
- Synthetic biology, Molecular evolution, Systems Biology, Functional genomics, Virology, High-throughput**Description du sujet**:

- La génomique synthétique vise à élucider les organisations génomiques à l'aide de techniques de biologie synthétique (1). Vu la taille des génomes, les modifications introduites sont arbitraires et loin d'être systématiques. La technique de balayage mutagène en profondeur consiste elle à construire des bibliothèques de variants systématiques autour de séquences hors contexte et à utiliser le séquençage en profondeur pour le phénotypage à haut débit (2). Ce projet se concentre sur un petit génome viral en tant que modèle pour combiner et étendre ces deux approches.
- Les densovirus sont de petits virus de la famille des Parvoviridae infectant les invertébrés (3). Le densovirus de Junonia Coenia (JcDV) peut infecter plusieurs espèces de lépidoptères ()4 et est hautement pathogène contre la légionnaire d'automne (Spodoptera frugiperda), un ravageur de cultures multi-résistant envahissant le monde (5). JcDV présente un génome d'ADN simple brin de 6 kb flanqué de deux télomères. Il produit deux transcrits se chevauchants tête-bêche : l'un porte trois protéines non structurales, dont deux se chevauchent entièrement sur des cadres de lecture différents et ne sont exprimées qu'après épissage ; l'autre code pour quatre versions d'une protéine capsidique portant differentes extensions N-terminales, suivant le codon de départ utilisé (6). La capside, dont la structure a été résolue (7), est nue et directement impliquée dans la reconnaissance de l'hôte. Une fois mieux compris et contrôlé, le JcDV pourrait fournir des alternatives durables et programmables aux insecticides chimiques contre les principaux ravageurs d'insectes. Il est également étroitement lié aux vecteurs de thérapie génique AAV et pourrait offrir des opportunités intéressantes dans ce domaine car présentant une moindre antigénicité et plus d'espace de stockage (8).
- Nous avons construit une bibliothèque de mutants qui couvrent l'ensemble du génome et sont tous marqué par un code-barre ADN unique. Le séquençage de ces codes-barres permet de mesurer efficacement les variations de fréquences des mutants viraux en réponse à divers cribles, permettant ainsi la quantification de divers phénotypes pour tous les mutants en parallèle sur l'ensemble du cycle de vie viral. Cette approche générique permet de : i) quantifier la réplication ou la pathogénicité en utilisant l'ADN viral cellulaire ; ii) déterminer les abondances, les sites de début, de fin et d'épissage des transcrits viraux ; et iii) mesurer l'assemblage, l'encapsidation et la stabilité de la capside, ainsi que les capacités des mutants à entrer dans les cellules et les noyaux à partir de l'ADN des virions. La bibliothèque comprend toutes les substitutions de nucléotides simples ainsi que toutes les suppressions et insertions de nucléotides/amino-acides simples dans les régions non codantes/codantes. Ces mutations peuvent avoir des effets directs ou en cascade sur de multiples phénotypes.- Synthetic genomics aims at elucidating genome organizations using synthetic biology technics (1). Due to large genome sizes the introduced modifications are arbitrary and far from being systematic. Deep mutational scanning, in contrast, consist in constructing systematic variants libraries around out of context sequences and use deep sequencing for high-throughput phenotyping (2). This project focuses on a small viral genome as a model to merge and expand these approaches.
- Densoviruses are small invertebrate-infecting viruses of the Parvoviridae family (3). The Junonia Coenia densovirus (JcDV) is capable of infecting several species of Lepidoptera (4) and is highly pathogenic for the fall armyworm (Spodoptera frugiperda), a multi-resistant crop pest that is expanding worldwide at alarming rates (5). JcDV features a 6 kb long, single-stranded DNA genome flanked by two highly structured telomeres. It produces 2 tail-to-tail overlapping transcripts: one bears 3 non-structural proteins, two of which overlap fully on different reading frames and are only expressed upon splicing; the other codes for 4 N-terminally extended version of a capsid protein, produced through leaky scanning (6). The ca